Las perlas naturales son una rareza en la actualidad. En épocas pasadas, se pescaban miles de ostras perleras tan sólo para poder encontrar una perla natural de buena calidad. Tan sólo en el Golfo de California, se dice que la incidencia natural de perlas en un placer (nombre dado al sitio donde abundaban tanto ostras como perlas) era de un 5 al 12%. Sin embargo, había que considerar que de ese porcentaje tan sólo un 30% de las perlas sería de buena calidad. Así que supongamos que de 100 ostras obtuvimos unas 12 perlas posibles. De esa docena de perlas, tan sólo 3.6 llegarían a poseer un buen valor comercial. Las perlas de baja calidad no eran desperdiciadas, ya que se utilizaban dentro de la medicina tradicional asiática o para su bordado en trajes y vestidos.

Debido a esta escasez de perlas y a la gran demanda de las mismas, se llegó a una pesca irracional y desenfrenada en todos los mares y ríos del mundo de reconocida calidad perlífera (Golfo Pérsico, Golfo de California, los atolones de Tuamotú, Shark Bay en Australia, el Golfo de Manaar en la India, etc.) y  tuvo un efecto nocivo en la viabilidad de las poblaciones naturales de ostras  y mejillones perlíferos en todo el planeta, muchas poblaciones llegando a ser aniquiladas en su totalidad. La contaminación de los mares y ríos ha sido otro factor importante. Hoy en día, podemos citar una nueva amenaza: el cambio climático mundial. Es por esta razón que las perla naturales ya no son de consecuencia económica actual y han sido reemplazadas por las perlas de cultivo. Aún así, existen personas y culturas que solamente aceptan perlas naturales y que las consideran auténticos tesoros.

Las perlas naturales se forman cuando la ostra forma una estructura conocida como el "saco perlero". Este saco se forma como resultado a un estímulo externo (un parásito, un gusano, incluso el ataque de otros organismos perforadores: pero nunca debido a "un granito de arena") sobre un órgano típico de los moluscos y que se conoce como el "manto" (encargado de producir la concha y el  nácar). El manto de la ostra recubre o "encapsula" al cuerpo extraño, formando así el saco perlero, e inmediatamente comienza la deposición de microscópicas capas de nácar, protegiéndose de la agresión. Luego de algunos años (4 o más) se puede obtener una perla natural de buen tamaño (4-8 mm). Por su rareza, una perla natural usualmente alcanza un valor 10 veces superior al de una perla de cultivo de características similares.

En la imagen lateral podemos observar que en la concha de una ostra perlera se aprecian pequeñas manchas e incluso minúsculas "perlitas" en la concha. En la parte carnosa, el manto de la ostra, se aprecian también unos pequeños puntitos negros, que no son otra cosa que pequeñas perlitas que comienzan a desarrollarse en el manto. El origen de estas perlas fue observado directamente: pequeños gusanos perforadores del género Polydora. Ahora bien, la mayoría de las perlas naturales tienen tamaño pequeño (1-4 mm) y presentan formas irregulares, aunque existen perlas naturales de tamaños grandes (como "La Peregrina", del tamaño y forma de un huevo de paloma) y de formas simétricas. (aunque las perlas naturales redondas son extremadamente difíciles de obtener). Una gran cantidad de perlas naturales "famosas" provienen del Pacífico americano, tal como se puede apreciar en esta página.

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